Asamblea General
Constituida por conjunto de los miembros inscritos en la FEV, constituye el máximo órgano soberano de la Federación y sus acuerdos, adoptados con arreglo a los Estatutos y Reglamento, son obligatorios para todos sus afiliados.

Comisión Ejecutiva
La Comisión Ejecutiva es el órgano ordinario de gestión. Está integrada por el Presidente, los Vicepresidentes, si los hubiere, Tesorero, Contador y los vocales, todos ellos elegidos por la Asamblea General, asistidos del Secretario.

Presidencia
El Presidente de la Federación es elegido cada tres años por la Asamblea General, y le corresponde la plena representación de la misma, ante las Autoridades Públicas y terceros, interviniendo en nombre de aquélla en la realización de actos, contratos, ejercicio de acciones, otorgamiento de poderes y cualesquiera otros negocios jurídicos concretos, durante el periodo de su mandato.

Podrán ser candidatos al cargo de Presidente los miembros de la Federación que anteriormente hayan ostentado el cargo de Vicepresidente Primero, procediéndose por la Asamblea general, en el caso de ser elegido Presidente el actual Vicepresidente Primero, a la elección de un nuevo Vicepresidente.

Finalizado el mandato del Presidente, éste pasa a ostentar el cargo de Vicepresidente Segundo de la Federación, por un periodo también de tres años.

Desde Marzo de 2009 preside la FEV D. José García-Carrión

Secretaría General
De la Secretaría General de la Federación es responsable el Secretario General, cuyo nombramiento corresponde a la Comisión Ejecutiva.

Las funciones del Secretario General son fundamentalmente ejecutar los acuerdos adoptados por los órganos de gobierno de la Federación, realizando y ordenando cuantas gestiones se requieran, ante toda clase de organismos, autoridades y personas para su cumplimiento.También puede proponer al Presidente y a la Comisión Ejecutiva los asuntos, medidas y actividades que dentro de los fines de la Federación, puedan ser, a su juicio, beneficiosos para la misma, y es el responsable de organizar y dirigir los servicios técnicos y administrativos de la Federación para el desenvolvimiento de la misma y trasladar a los miembros de la Federación los acuerdos adoptados y gestiones realizadas según su naturaleza.

Comité Asesor
El Comité Asesor fue creado en 2001 , y formado por los expresidentes de la FEV y otras personalidades relevantes vinculadas al mundo del vino, desarrolla un ejercicio de reflexión sobre los asuntos centrales que afectan al sector tales como el eventual diseño de estrategias a largo plazo.